メタゲノムデータをフル活用した微生物の研究をしています。海洋研究開発機構研究員 Researcher in JAMSTEC. Metagenomics and bioinformatics.
日本 東京
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We are pleased to announce a new paper that provides a new framework for plasmid classification! We reassessed the classical Pseudomonas incompatibility groups (PIncs) through several new sequences and experimental validations. (1/n)
biorxiv.org/content/10.1101/…
Yosuke Nishimura retweeted
CREST「細胞を遊ぶ」領域、加藤チームの加藤英明先生、吉澤晋先生、CREST「マルチセンシング」領域、樽野チームの加藤英明先生らの成果です。
npj Structural Biology誌に報告しています。
doi.org/10.1038/s44511-026-0…
＜プレスリリース＞ 微生物ロドプシンを「共通番号」で読み解く～多様なロドプシンを比較するMOナンバリングシステムを開発～
jst.go.jp/pr/announce/202611…
#JST #科学技術振興機構 #CREST #創発的研究支援事業
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よく研究されているタンパク質(酵素)の統一的なアミノ酸配列ナンバリングシステムは古くからあり、とても有用なことなのです。
このリンクは1977年にMichael G. Rossmannらが提唱したL-lactate dehydrogenaseのN-systemの論文です。
doi.org/10.1073/pnas.74.7.26…
GPCRの分野では、異なるclass A GPCRを簡単に比較するためのBW numberingというナンバリングシステムが1995年に考案され今も利用されています。 微生物型ロドプシンにはそういったものがなかったので「MO numbering」というシステムを作りました、という論文を出しました。
nature.com/articles/s44511-0…
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こちらの機能未知の配列を用いた微生物型ロドプシンの配列類似性のマッピングには、大気海洋研の吉澤先生@qo_opYoshizawa とJAMSTECの西村さん@ysknishimura のデータを使わせて頂きました。見れば見るほど新たな発見にあるFigで、ロドプシン好きには堪らないFigになっています。
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GPCRの分野では、異なるclass A GPCRを簡単に比較するためのBW numberingというナンバリングシステムが1995年に考案され今も利用されています。 微生物型ロドプシンにはそういったものがなかったので「MO numbering」というシステムを作りました、という論文を出しました。
nature.com/articles/s44511-0…
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[新作] @NatureComms 龍のような貝「神龍毛肌海紐」から、なんと新たな細胞小器官(オルガネラ)を発見 & "Dracosphera" (ラテン語「ドラゴンボール」の意)と命名!! 20層を超える膜をもつこの小器官で共生菌を包んで飼育・貧酸素冷湧水への適応進化と思われる。
無料で読めます: doi.org/10.1038/s41467-026-7…
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ようやく、真核生物に最も近縁なアーキア（古細菌）に関する論文が、Natureでオンライン公開されました！
私たちがまだアーキアだった太古の時代。その姿や生き方に、これまで以上に迫ることができました。
論文はこちらです👇
nature.com/articles/s41586-0…
1/n
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A plasmid-encoded H-NS protein selectively binds its own plasmid | mSystems journals.asm.org/doi/full/10…
They call it "cognate plasmid specificity", which adds to cis-acting proteins (e.g., relaxases). Plasmids show high functional complexity, beware defenders of orthogonality!
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スクナ古細菌の論文が、Current Biology誌に掲載されました！
ちなみに今回報告したゲノムは伊豆近海産です🌊
doi.org/10.1016/j.cub.2026.0…
全く新しい古細菌「スクナ古細菌」を発見しました！これまで知られている古細菌の中で最小のゲノム（238kbp）を持ち、その遺伝子機能は自己DNA複製に特化しています。驚くことに、海洋にはスクナ古細菌に近縁な未発見の古細菌の多様性が存在するようです。
biorxiv.org/content/10.1101/…
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BREAKING: The U.S. government, Google, Meta & Zuckerberg-backed @biohub are launching a $1.8B push to build the data layer for AI biology.
The goal is to create the largest open, AI-ready biological dataset ever assembled, giving models the data needed to better predict how biology works & ultimately help treat disease.
The coalition is massive:
› Biohub committed $500M
› DOE is investing $500M+ across measurement, modeling & compute
› NIH is bringing $500M+ of federally funded datasets & repositories
› Meta, Google DeepMind & @IsomorphicLabs are jointly investing another $300M
This is effectively an infrastructure buildout for AI biology.
Instead of just building bigger models, they’re attacking one of the biggest bottlenecks in biology AI today, generating standardized, high-quality biological data at massive scale & making it openly available to researchers.
$1.8B committed to turning biology into something AI can increasingly model, predict & engineer.
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数学のミレニアム問題がAIによって攻略されている状況を見て、Edison ScientificとFutureHouseが、生物学におけるミレニアム問題を提案しました。
millenniumproblems.bio/
ここはAI for Scienceの生物学系AIエージェント研究でかなりすごいことをやっているところなので、これも定着するかもしれない
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海洋の優占細菌系統SAR11が持つ遺伝子をバイオインフォマティクス解析で調べた論文が公開されました。「機能が知られていない遺伝子群」から、海洋での生存や繁栄に関わる機能の手がかりを新たに見いだしました。
doi.org/10.1128/msystems.010…
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【論文紹介】MAG (Metagenome Assembled Genome)の論文
海水と淡水が混じり合う河口付近の水は最も複雑な自然環境のひとつ。ナノポアを使ってPelagibacter（ペラジバクター）を含む多くの種を株レベルまで区別してアセンブリできたという。
PromのR10フローセルを6つ使って読んで、リードN50は10kbから15kbくらい。そのあとリードQCしてアセンブリして遺伝子予測して・・・
マニュアルキュレーションなしでも完全長環状ゲノムを328個完成、95,000個のウイルスContig、新種のゲノムも3割以上。
何がすごいのかというと、ペラジバクターの環境メタゲノムの株レベルまでのアセンブリって、今の所ナノポア以外のシーケンサーではできないらしいこと（もし不正確でしたらすみません）。
「Contrasting population structures coexist in a strain-resolved estuarine microbiome」
biorxiv.org/content/10.64898…
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Clustering the protein universe of life using DIAMOND DeepClust nature.com/articles/s41592-0…
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News「【新センター発足】バイオ生成AI研究開発センターを設立しました」 ds.rois.ac.jp/news/2025/post… ds.rois.ac.jp/center10/
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新しい論文が公開されました！
京都大学・緒方研究室との共同研究です。
巨大ウイルスが、コドン使用頻度と tRNA 供給のアンバランスをどのように克服しているのかを明らかにしました。
Ruixuan、緒方先生、おめでとうございます！
nature.com/articles/s41564-0…
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DeepKOALA: A Fast and Accurate Deep Learning Framework for KEGG Orthology Assignment biorxiv.org/content/10.64898…
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We're excited to share our new preprint, now available on bioRxiv!
Functional Unknomics of the SAR11 clade using bioinformatics approaches
biorxiv.org/content/10.64898…
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Our preprint, “Unknomics of the SAR11,” led by @1rars1 is now available on bioRxiv. Hope you enjoy it!
Functional Unknomics of the SAR11 clade using bioinformatics approaches | bioRxiv biorxiv.org/content/10.64898…
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Laptop-based graphical user interface for detection and analysis of irregularly shaped bacterial cells in dense communities. Swarmetrics is an image capture and analysis pipeline to study cellular variation in complex microbial environments. doi.org/10.1128/mbio.03342-2… #mBio #GUI
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Our paper about Retron-Eco7 was published in Nature Communications.
nature.com/articles/s41467-0…