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環境ウイルス研究部会

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微生物生態学会　環境ウイルス研究部会の若手が運営しています。新着論文の紹介や部会の活動のお知らせ、部会員の研究の紹介などを行う予定です!どうぞよろしくお願いします！

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Hiroyuki Ogata (@HiroDorcus) profile picture
Hiroyuki Ogata@HiroDorcus23 Apr 2025
ポスドク募集しでます。やる気のある人、是非コンタクトして下さい。kuicr.kyoto-u.ac.jp/sites/ne…
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Hiroyuki Ogata (@HiroDorcus) profile picture
Hiroyuki Ogata@HiroDorcus8 Oct 2024
巨大ウイルスのコドン頻度は宿主細胞内のtRNA頻度と一致していない。ではいかにしてウイルス遺伝子の翻訳を行っているのか。そんな疑問に答える研究室の張君の研究がbioRxivに掲載されました。理研岩崎先生、ウィーン大学Anoukグループとの共同です。biorxiv.org/content/10.1101/…
Giant virus creates subcellular environment to overcome codon– tRNA mismatch

Giant virus creates subcellular environment to overcome codon– tRNA mismatch

Codon usage consonant with the cellular tRNA pool is important for efficient translation. However, many eukaryotic viruses, including amoeba-infecting mimiviruses, have codon usage that is largely...

biorxiv.org
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Syun-ichi Urayama (@SyunichiUrayama) profile picture
Syun-ichi Urayama@SyunichiUrayama26 Sep 2024
結構な長い枠でお話させて頂く機会をもらいました。鋭意スライド準備しています！！ 第８２回自然科学カフェ（会場・オンライン同時開催） 「自己複製するRNAと生命の深い関係」 naturesciencecafe-tsudoi82.p… @PeatixJPより
第８２回自然科学カフェ（会場・オンライン同時開催） 「自己複製するRNAと生命の深い関係」

第８２回自然科学カフェ（会場・オンライン同時開催） 「自己複製するRNAと生命の深い関係」

第８２回自然科学カフェ（会場・オンライン同時開催）テーマ：自己複製するRNAと生命の深い関係 自己複製する細胞（＝生命）が誕生する以前の世界では、RNAが自己複製していたとする『R... powered by Peatix : More than a ticket.

naturesciencecafe-tsudoi82.peatix.com
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Hiroyuki Ogata (@HiroDorcus) profile picture
Hiroyuki Ogata@HiroDorcus21 Aug 2024
Papers from our group: one on virus-virus HGTs in giant viruse led by Junyi Wu, and another about the origin of viral aaRSs led by Soichiro Kijima and Hiroyuki Hikida.
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今週の土曜日に下記のオンラインイベント「有事の際、研究者はどう動くべきか」が開催されます！ 東大医科研の佐藤佳先生、伊東潤平先生とモデルナ・ジャパン代表取締役社長の長山和正さんがご登壇されます。 興味のある方はぜひご参加ください！ tayo.jp/events/01HTVH0HAX8T7…
有事の際、研究者はどう動くべきか

有事の際、研究者はどう動くべきか

2019年末より始まった新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のパンデミック。当時、「何かこの未曾有の危機に研究者として貢献できることはあるのではないか・・・？」ということが頭をよぎった研究者の方は多いと思いますが、何か行動に移すことはできた方は少数派なのではないでしょうか。当時、どういう行動が

tayo.jp
The Sato Lab (Kei Sato) (@SystemsVirology) profile pictureThe Sato Lab (Kei Sato)@SystemsVirology15 May 2024
#拡散希望 5月18日10時より、一般社団法人G2P-Japanウェブ企画「有事の際、研究者はどう動くべきか」を開催します。佐藤、伊東 @jampei2、モデルナ・ジャパン代表取締役社長の長山和正様でパネルディスカッションします。参加無料です。ぜひこぞってご参加ください！ 1/ tayo.jp/events/01HTVH0HAX8T7…
有事の際、研究者はどう動くべきか

有事の際、研究者はどう動くべきか

2019年末より始まった新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のパンデミック。当時、「何かこの未曾有の危機に研究者として貢献できることはあるのではないか・・・？」ということが頭をよぎった研究者の方は多いと思いますが、何か行動に移すことはできた方は少数派なのではないでしょうか。当時、どういう行動が

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Satoshi Hiraoka (@hiraokas302) profile picture
Satoshi Hiraoka@hiraokas3026 May 2024
自分が共同筆頭著者となるプレプリントが出ました ピロリ菌に感染するウイルス（ファージ）を利用して、多段階で異なる宿主に感染させる実験を行い、その感染価やエピゲノムの変化を解析した成果です ACT-Xでもご一緒している高知大学の高橋さんとの共同研究になります
Michiko Takahashi (@takamitchel) profile pictureMichiko Takahashi@takamitchel6 May 2024
Our new work on #phage is available at bioRxiv! We revealed bacteria-phage interactions mediated by host-encoded DNA methyltransferases using multi-stage infection flow and SMRT sequencing. Great collaboration with @hiraokas302 biorxiv.org/content/10.1101/…
Host-encoded DNA methyltransferases modify the epigenome and host tropism of invading phages

Host-encoded DNA methyltransferases modify the epigenome and host tropism of invading phages

A part of prokaryotic DNA methyltransferases (MTases) is associated with phage-defense systems (e.g., restriction-modification [RM] system) to combat the invasion of foreign DNA (e.g., phages). To...

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Michiko Takahashi (@takamitchel) profile picture
Michiko Takahashi@takamitchel6 May 2024
Our new work on #phage is available at bioRxiv! We revealed bacteria-phage interactions mediated by host-encoded DNA methyltransferases using multi-stage infection flow and SMRT sequencing. Great collaboration with @hiraokas302 biorxiv.org/content/10.1101/…
Host-encoded DNA methyltransferases modify the epigenome and host tropism of invading phages

Host-encoded DNA methyltransferases modify the epigenome and host tropism of invading phages

A part of prokaryotic DNA methyltransferases (MTases) is associated with phage-defense systems (e.g., restriction-modification [RM] system) to combat the invasion of foreign DNA (e.g., phages). To...

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Junna Kawasaki 川崎純菜 (@J_191206) profile picture
Junna Kawasaki 川崎純菜@J_1912063 May 2024
Our latest work, “Hidden Challenges in Evaluating Spillover Risk of Zoonotic Viruses Using Machine Learning Models”, is out in @biorxivpreprint. (1/n) biorxiv.org/content/10.1101/…
Hidden Challenges in Evaluating Spillover Risk of Zoonotic Viruses using Machine Learning Models

Hidden Challenges in Evaluating Spillover Risk of Zoonotic Viruses using Machine Learning Models

Machine learning models have been deployed to assess the zoonotic spillover risk of viruses by identifying their human infectivity potential. However, the scarcity of comprehensive datasets poses a...

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So Nakagawa@sounaka28 Apr 2024
Birth of protein-coding exons by ancient domestication of LINE retrotransposon biorxiv.org/content/10.1101/…
Birth of protein-coding exons by ancient domestication of LINE retrotransposon

Birth of protein-coding exons by ancient domestication of LINE retrotransposon

Transposons, occasionally domesticated as novel host protein-coding genes, are responsible for the lineage-specific functions in vertebrates. LINE-1 (L1) is one of the most active transposons in the...

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Yusuke Okazaki@yokadzaki24 Apr 2024
Our new preprint is out! We reported>280 novel giant virus genomes and their spatiotemporal distribution in Lake Biwa using seasonal long-read metagenomics, including hypolimnion-specific GV lineages and the first freshwater Mirusvirus genomes. biorxiv.org/content/10.1101/…
Spatiotemporal dynamics revealed the dark water community of giant virus from a deep freshwater lake

Spatiotemporal dynamics revealed the dark water community of giant virus from a deep freshwater lake

Giant viruses significantly regulate the ecological dynamics of diverse ecosystems. Although metagenomics has expanded our understanding of their diversity and ecological roles played in marine...

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Shoichi Sakaguchi@sho1sakaguchi8 Apr 2024
NeoRdRp2, our HMM profile for detecting RNA viruses, has been updated on GitHub! 🦠🔬 A paper detailing the improvements will be published shortly. Check out the latest version here: github.com/shoichisakaguchi/… #RNAviruses #bioinformatics
GitHub - shoichisakaguchi/NeoRdRp

GitHub - shoichisakaguchi/NeoRdRp

Contribute to shoichisakaguchi/NeoRdRp development by creating an account on GitHub.

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筑波大学 (@UNIV_TSUKUBA_JP) profile picture
筑波大学
@UNIV_TSUKUBA_JP4 Apr 2024
#筑波大学ポッドキャスト 「研究室サイドストーリー」第46回を配信しました。 「第３の『界』を発見したかも！#温泉 に生息していた知られざる #RNAウイルス の正体」と題して、生命環境系 #浦山俊一 助教にお話しを伺いました。 podcasters.spotify.com/pod/s… #筑波大学 #ポッドキャスト #ウイルス #研究
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Yusuke Okazaki (@yokadzaki) profile picture
Yusuke Okazaki@yokadzaki6 Apr 2024
和文総説「技術が拓く湖沼微生物生態学の最前線」が陸水学雑誌よりオンライン公開されました。自分も学部生時代に和文総説に助けられたので、今度は自分が書く番だという熱意で書きました。少しでも多くの方が湖や水圏の微生物生態学に興味を持つきっかけになれば嬉しいです jstage.jst.go.jp/article/rik…
技術が拓く湖沼微生物生態学の最前線

技術が拓く湖沼微生物生態学の最前線

微生物生態学では，微生物の細胞サイズが小さいがゆえの技術的困難がボトルネックとなっており，新技術が新発見に直結し，新たな理解に繋がるブレイクスルーとなってきた。本総説では，湖沼微生物生態学における近年の動向について，それを裏打ちしてきた技術を主軸に，湖沼での応用に際する検討事項や注意点を交えながら …

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Yosuke Nishimura (@ysknishimura) profile picture
Yosuke Nishimura@ysknishimura21 Mar 2024
比較ゲノム解析ツールDiGAlignの論文が出版されました！ DiGAlignは、一度に最大300ゲノムという大規模な比較ゲノム解析が可能なWebサーバーで、無料で利用できます。 サーバー： genome.jp/digalign/ 紹介記事： kuicr.kyoto-u.ac.jp/sites/to… (1/4)
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日本の研究.comニュース (@rjp_news) profile picture
日本の研究.comニュース
@rjp_news21 Mar 2024
【注目プレスリリース】大量ゲノム時代の比較ゲノム解析ツール「DiGAlign」の公開 ―「微生物ダークマター」の解明のためのwebサーバー― / 京都大学 research-er.jp/articles/view…

【プレスリリース】大量ゲノム時代の比較ゲノム解析ツール「DiGAlign」の公開 ―「微生物ダークマター」の解明のためのwebサーバー― | 日本の研究.com

2024.03.21 京都大学 プレスリリース 本研究は、2024年3月20日に学術誌「Microbes and Environments」にオンライン掲載されました。 京都大学化学研究所 山田航平 学部生（当時）、岡嵜友輔 助教、緒方博之 教授、国立研究開発法人海洋研究開発機構（JAMSTEC） ...

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Tetsuro Kawano-Sugaya (@TetsuroSugaya) profile picture
Tetsuro Kawano-Sugaya@TetsuroSugaya19 Mar 2024
ロングリードメタゲノムアセンブラー三兄弟の比較 : hifiasm_meta, metaMDBG, metaFlye｜はじ環 zenn.dev/edna_startup/articl…

ロングリードメタゲノムアセンブラー三兄弟の比較 : hifiasm_meta, metaMDBG, metaFlye

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