Ivan Barvik (@ibarvik) header
Ivan Barvik (@ibarvik) profile picture
Joined December 2010
Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)Photo by Ivan Barvik (@ibarvik)
Srovnání výkonu ústavů Akademie věd České republiky claude.ai/artifact/TCDRq8SSk…
6
1
1
14
5,360
Srovnání výkonu Fyzikálního ústavu AVČR @IOCBPrague Ústavu fyziky plazmatu a @UFE_AVCR claude.ai/artifact/CG7qZxhcw…
2
580
Announcing LigParGen 3.0: OPLS-AA parameters for organic molecules, now a free app for Mac, Windows and Linux. Paste a SMILES or draw a molecule, and get files for OpenMM, GROMACS, AMBER, CHARMM, LAMMPS and more. jorgensenresearch.com/ligpar…
3
69
3
303
7,642
Nice density vs pressure results - for the special issue honoring Mike Klein! Compressibility of Water and Organic Liquids from Monte Carlo Simulations: Support for the Lennard-Jones 12–6 Potential pubs.acs.org/jpcbfk/article-…
3
17
871
Ivan Barvik retweeted
A new RNA foundation model, published in Nature. Researchers introduce structRFM, an open, structure-guided RNA foundation model trained on 21 million RNA sequence–structure pairs. Unlike conventional RNA language models that primarily learn from sequences, structRFM incorporates base-pairing information directly into pre-training, enabling joint learning of RNA sequence and structure. Key highlights: • Structure-guided pre-training: A new masked language modeling strategy (SGMLM) captures RNA base-pairing relationships. • RNA structure prediction: Achieves state-of-the-art performance on secondary structure benchmarks. • 3D RNA folding: Its Zfold adaptation delivers competitive performance with AlphaFold 3 across established RNA structure benchmarks. • Broad generalization: Supports RNA structure prediction, splice-site prediction, IRES identification, and ncRNA classification. The complete dataset, model weights, and source code are openly available. From sequence-only learning to structure-aware foundation models, RNA AI is taking another step forward. Nature paper: doi.org/10.1038/s41586-026-1… #RNA #AIforBiology #FoundationModels #Nature
🤖 Made with AI
2
55
2
231
11,304
Ivan Barvik retweeted
Pokud nemáte na dnešní odpoledne program, tak jsem zrovna dostal zprávu, že na moji přednášku o sopkách, co budu mít u nás na ústavu na pražském Spořilově od 16.00, jsou ještě volná místa. Tak případně přijďte :) tydenavcr.cz/program/akce?id…
1
6
21
2,312
RT @jppiquem: #compchem I am thrilled to share our latest research published in @CommsChem. 🔬 Our new article, "Enhanced sampling enables b…
4
5
Ivan Barvik retweeted
A new milestone for AI-driven science. Published in Nature, AutoDNA introduces an AI-native experimental laboratory that autonomously designs, executes, and optimizes biomolecular experiments. Powered by multi-agent AI, the system coordinates 20+ types of laboratory instruments and executes over 11,000 hardware operations. Key results: - 97.8% stepwise yield in enzymatic DNA synthesis. - 3.2× faster concurrent experimental execution. - Completed an end-to-end DNA data storage cycle with exact recovery. - Identified and experimentally validated a clinically detected KRAS G13D mutation. From natural language instructions to real-world wet-lab execution, AutoDNA brings AI one step closer to autonomous scientific experimentation. The next generation of AI scientists may not just analyze experiments. They may run the lab themselves. Paper: doi.org/10.1038/s41586-026-1… #AIforScience #AIforBiology #AutonomousLab #Nature
🤖 Made with AI
8
36
3
208
10,303
Vytvořil jsem interaktivní 3D Prahu, včetně sledování pozic MHD, letadel, počasí a spousty dalších věcí. Inspiroval jsem se ukázkou @jakub_works na X, ale kód je psaný od nuly s některými mými předchozími kódy pro aplikace co řeším klientům a je tam pár extra funkcí a easter eggů. Zároveň jsem si i připravil workflow, takže jsem to schopen velmi rychle a levně připravit i pro jiná města, bude-li mít někdo zájem to zasponzorovat (případně se mohou ozvat sponzoři pro Prahu). Funkce budou záviset na dostupnosti jejich API. Mohu podobně udělat i například interaktivní mapy areálů, veletrhů či budov. Pražská mapa je k dispozici na tinyprague.cz, pro ostatní města sbírám sponzory či drobné dárce na tinymaps.eu. Ocením like a sdílení, případně nápady na další vylepšení. Mohlo by se líbit @zoo_praha @PrahaEU @JaromirBeranek @DPPOficialni @PIDoficialni @piratipraha @golemiocz #mobilita #Praha
81
169
7
1,038
78,451
Ivan Barvik retweeted
👉 rspkt.cz/300012962 Proč do ulic vyrazili už i laboranti z VŠCHT a technici z ČVUT a shodnou se s divadelníky na radikalitě?
36
18
3
122
11,562
#HighlightoftheWeek Speak to a Protein: An Interactive Multimodal Co-Scientist for Protein Analysis. #compchem pubs.acs.org/jcisd8/article/…
14
30
1,970
Ivan Barvik retweeted
Physics is hard to visualize through static images alone, so I turned my 174 pages of high school physics notes into an interactive website. It covers mechanics, electricity, and magnetism, breaking down complex concepts into intuitive visualizations, real-world scenarios, and interactive problems. Check it out here: atlas-of-physics.vercel.app/
177
1,037
93
6,556
472,529