Ivan Barvik retweeted
Announcing LigParGen 3.0: OPLS-AA parameters for organic molecules, now a free app for Mac, Windows and Linux.
Paste a SMILES or draw a molecule, and get files for OpenMM, GROMACS, AMBER, CHARMM, LAMMPS and more.
jorgensenresearch.com/ligpar…
Ivan Barvik retweeted
Nice density vs pressure results - for the special issue honoring Mike Klein!
Compressibility of Water and Organic Liquids from
Monte Carlo Simulations: Support for the Lennard-Jones 12–6
Potential pubs.acs.org/jpcbfk/article-…
Ivan Barvik retweeted
A new RNA foundation model, published in Nature.
Researchers introduce structRFM, an open, structure-guided RNA foundation model trained on 21 million RNA sequence–structure pairs.
Unlike conventional RNA language models that primarily learn from sequences, structRFM incorporates base-pairing information directly into pre-training, enabling joint learning of RNA sequence and structure.
Key highlights:
• Structure-guided pre-training: A new masked language modeling strategy (SGMLM) captures RNA base-pairing relationships.
• RNA structure prediction: Achieves state-of-the-art performance on secondary structure benchmarks.
• 3D RNA folding: Its Zfold adaptation delivers competitive performance with AlphaFold 3 across established RNA structure benchmarks.
• Broad generalization: Supports RNA structure prediction, splice-site prediction, IRES identification, and ncRNA classification.
The complete dataset, model weights, and source code are openly available.
From sequence-only learning to structure-aware foundation models, RNA AI is taking another step forward.
Nature paper: doi.org/10.1038/s41586-026-1…
#RNA #AIforBiology #FoundationModels #Nature
🤖 Made with AI
Ivan Barvik retweeted
Pokud nemáte na dnešní odpoledne program, tak jsem zrovna dostal zprávu, že na moji přednášku o sopkách, co budu mít u nás na ústavu na pražském Spořilově od 16.00, jsou ještě volná místa.
Tak případně přijďte :) tydenavcr.cz/program/akce?id…
RT @jppiquem: #compchem I am thrilled to share our latest research published in @CommsChem.
🔬 Our new article, "Enhanced sampling enables b…
Ivan Barvik retweeted
A new milestone for AI-driven science.
Published in Nature, AutoDNA introduces an AI-native experimental laboratory that autonomously designs, executes, and optimizes biomolecular experiments.
Powered by multi-agent AI, the system coordinates 20+ types of laboratory instruments and executes over 11,000 hardware operations.
Key results:
- 97.8% stepwise yield in enzymatic DNA synthesis.
- 3.2× faster concurrent experimental execution.
- Completed an end-to-end DNA data storage cycle with exact recovery.
- Identified and experimentally validated a clinically detected KRAS G13D mutation.
From natural language instructions to real-world wet-lab execution, AutoDNA brings AI one step closer to autonomous scientific experimentation.
The next generation of AI scientists may not just analyze experiments. They may run the lab themselves.
Paper: doi.org/10.1038/s41586-026-1…
#AIforScience #AIforBiology #AutonomousLab #Nature
🤖 Made with AI
Ivan Barvik retweeted
Vytvořil jsem interaktivní 3D Prahu, včetně sledování pozic MHD, letadel, počasí a spousty dalších věcí. Inspiroval jsem se ukázkou @jakub_works na X, ale kód je psaný od nuly s některými mými předchozími kódy pro aplikace co řeším klientům a je tam pár extra funkcí a easter eggů. Zároveň jsem si i připravil workflow, takže jsem to schopen velmi rychle a levně připravit i pro jiná města, bude-li mít někdo zájem to zasponzorovat (případně se mohou ozvat sponzoři pro Prahu). Funkce budou záviset na dostupnosti jejich API. Mohu podobně udělat i například interaktivní mapy areálů, veletrhů či budov.
Pražská mapa je k dispozici na tinyprague.cz, pro ostatní města sbírám sponzory či drobné dárce na tinymaps.eu. Ocením like a sdílení, případně nápady na další vylepšení.
Mohlo by se líbit @zoo_praha @PrahaEU @JaromirBeranek @DPPOficialni @PIDoficialni @piratipraha @golemiocz #mobilita #Praha
Ivan Barvik retweeted
Current–Voltage Characteristics of K+ Channels Estimated by MD Simulations and Markov State Models
pubs.acs.org/doi/10.1021/acs…
#JCIM Vol66 Issue18 #compchem
Ivan Barvik retweeted
👉 rspkt.cz/300012962 Proč do ulic vyrazili už i laboranti z VŠCHT a technici z ČVUT a shodnou se s divadelníky na radikalitě?
Ivan Barvik retweeted
Mesoporous‐Shell Monolayer Plasmonic Architecture Enables Quantitative and Decision‐Guided SERS #machinelearning #compchem doi.org/10.1002/advs.77299
Ivan Barvik retweeted
#HighlightoftheWeek Speak to a Protein: An Interactive Multimodal Co-Scientist for Protein Analysis.
#compchem
pubs.acs.org/jcisd8/article/…
Ivan Barvik retweeted
Physics is hard to visualize through static images alone, so I turned my 174 pages of high school physics notes into an interactive website.
It covers mechanics, electricity, and magnetism, breaking down complex concepts into intuitive visualizations, real-world scenarios, and interactive problems.
Check it out here: atlas-of-physics.vercel.app/
Ivan Barvik retweeted
Výzva Rady Učené společnosti Poslanecké sněmovně PČR, rozpočtovému výboru a vládě ČR:
zajistěte úpravou státního rozpočtu ve druhém čtení pokračování programu ERC CZ
➡️ celý text výzvy: learned.cz/cz/aktivity-spole…
Ivan Barvik retweeted
... from the life of a PI ... this is the second time we were saved in the last minute before financial collapse via the EXPRO grant ... another five years of existence secured ... thank you GACR & anonymous reviewers!
Studenti napříč Českem protestují proti změnám ve financování veřejnoprávních médií
forum24.cz/nezavislost-verej…
Ivan Barvik retweeted
Proč AI laboratoře řeší matematické důkazy?
LLM od 2023 udělaly v řešení matematických úloh (díky reasoningu a RLVF) takový pokrok, že cokoli krom nejtěžších úloh pro ně je primitivní. Tzv. "otevřené problémy" jsou
jednou z mála věcí, kde vývojáři poznají, že se model zlepšuje.
Ivan Barvik retweeted
Další AI WTF momentů. Claude Code se speciálním skillem sám vyhledává v matrikách, prochází a čte záznamy a samostatně vytvoří rodokmen. Nevěřil jsem, zíral jsem, fakt to fungovalo.
Dal jsem AI zápis o narození dědy. Claude sám sestavil rodokmen, pět generací bez jediné chyby zive.cz/clanky/claude-code-s… ⬇️



























